El convento de San Francisco se funda a principios del XVI, a instancias del marqués de Priego de Córdoba, bajo la advocación de San Esteban; los franciscanos acometen poco después la construcción de la iglesia, finalizando las obras a mediados de siglo.
En el siglo XVIII, el templo sufre una profunda transformación, conservándose tan sólo la planta de salón y unas bóvedas góticas con decoración renacentista junto a la Sacristía.
El autor de esta reforma fue Jerónimo Sánchez de Rueda y, posteriormente, Santaella.
Destaca la Capilla de Jesús Nazareno, construida en 1731, de planta hexagonal y decorada con yeserías doradas; en el camarín se venera la talla de gran calidad de Jesús Nazareno, de Pablo de Rojas.
El conjunto se completa con la Capilla del Venerable Orden Tercero, y la Capilla de Jesús de Columna. Se cubre con bóvedas de arista, decoradas con florones centrales.
La fachada exterior es del XVIII, y se organiza como un gran muro cubierto por esgrafiados; la portada es de mármol blanco y negro y consta de dos cuerpos, flanqueados por columnas corintias.
Del convento franciscano se conserva un claustro renacentista con dos cuerpos de alzada y cinco arcos en cada planta que apoyan en fustes de mármolde Cabra.
Una reciente rehabilitación ha recuperado el refectorio.
