En el mismo lugar que actualmente se levanta el Santuario de la Inmaculada Concepción se encontraba una pequeña ermita con la advocación de San Antón en el siglo XVI.
Con motivo de la epidemia de peste que asola Andalucía en el año 1650, el pueblo de la entonces Villa de la puente de Don Gonzalo, la vota por Patrona perpetua de la Villa, siendo insuficiente el Templo para el rango de Patrona de la misma. Se decide levantarle una Iglesia más acorde con su Patronazgo en la segunda mitad del siglo XVIII, comenzando las obras en el año 1760 a instancias de su mayordomo D. Ignacio Jurado Roldán, comprándose para la ampliación varias casas de la calle Aguilar. Las obras de la nueva Iglesia comprenden desde el año 1760 hasta el año 1799, fecha esta última de la portada principal del templo realizada por los canteros de la Villa, los hermanos Gallardo. Esta portada es la más suntuosa de las Iglesias de Puente Genil con su lonja o escalinata delantera cerrada con cancel, sus dobles columnas , su frontón partido etc. Todo realizado en piedra procedente de Sierra Gorda y embutido en un gran nichal.
En el interior del Templo son de destacar el retablo mayor realizado en yeso tallado y policromado a imitación de mármoles de colores en el que intervino el tallista de Lucena Pedro de Mena Gutiérrez; las yeserías barrocas de estilo popular se reparten por todo el templo en torno a unas grandes pilastras de estilo corintio. A destacar la cúpula elíptica con yeserías en las que se reproducen motivos marianos.
En el camarín del siglo XVIII, se encuentra la imagen de la Patrona, la Inmaculada Concepción, que data de finales del siglo XVI, de talla completa, aunque desde hace siglos está preparada para vestir.
La Imagen del Señor de la Oración del Huerto, de vestir, pertenece también al siglo XVIII , procede de la primitiva Ermita de Santa Catalina y estuvo ubicada también a finales del siglo XIX en la antigua Iglesia del ex convento de San Francisco de la Asunción.
