A raíz de la aparición de San Rafael al padre Roelas en 1578 se ve potenciada la devoción que la ciudad tiene por el arcángel.
A mediados del s. XVII se constituye una hermandad y levanta la primera iglesia, y la iglesia a la que nos estamos refiriendo es obra de Vicente López Caldera, terminada en 1806.
Es una iglesia con las características típicas de las iglesias conmemorativas.
Todo el ornato del templo se inscribe en la órbita del barroco dieciochesco. En su capilla mayor destaca la imagen de talla de San Rafael, cobijada por un templete de aire neoclásico, realizada por Gómez de Sandoval.
Cuenta con importantes obras con escenas de martirios de santos y piedad, aunque lo más importante son los lienzos firmados por Antonio Palomino, y el Crucificado que realiza Diego Morales en 1806 y se encuentra en la capilla mayor.
